某企业核算批准后的存货毁损净损失，下列各项中，计入管理费用的是（）。A、由自然灾害造成的损失 B、应由保险机构赔偿的损失 C、应由责任人赔偿的损失 D、管理不善造成的损失

存货毁损净损失的会计处理需根据成因分类处理。根据《企业会计准则》，管理不善导致的损失计入管理费用，而自然灾害等不可抗力损失计入营业外支出，保险或责任人赔偿则计入其他应收款。

选项分析：

A. 自然灾害造成的损失：属于不可抗力，扣除保险赔偿后净损失应计入营业外支出，如台风导致仓库进水损毁的原材料。

B. 保险机构赔偿与C. 责任人赔偿：均属于可收回资金，应计入其他应收款，而非损益类科目。

D. 管理不善造成的损失：如仓库安保疏漏导致商品被盗、因存储不当引发霉变，扣除赔偿后的净损失需计入管理费用，且对应的增值税进项税额需转出。

结论：本题正确答案为 D。企业需注意，管理不善的界定需结合内部制度执行情况，如未定期检查存储条件导致的损失即属于此类。这一处理既符合会计“配比原则”，也有助于强化内部责任管理。