根据《企业登记程序规定》，企业登记机关认为需要对申请材料的实质内容进行核实的（）A.应当书面告知申请人需要核实的事项，理由及时间 B.应当派两名以上工作人员，对申请材料予以核实 C.经核实后，

根据《企业登记程序规定》，企业登记机关认为需要对申请材料的实质内容进行核实的（）A.应当书面告知申请人需要核实的事项，理由及时间 B.应当派两名以上工作人员，对申请材料予以核实 C.经核实后，应当提交“申请材料核实情况报告书” D.应当根据核实情况作出是否准予登记的决定

根据《企业登记程序规定》，企业登记机关对申请材料实质内容进行核实时，需遵循多项法定程序。正确选项为B、C、D，具体依据如下：

B选项符合规定核心要求。登记机关必须“指派两名以上工作人员进行核查”，这一强制性规定在多个官方文件中明确体现，例如国家工商行政管理总局令直接指出需“两名以上工作人员”，《企业登记程序规定》第十一条也重复了这一要求。两人以上核查既确保程序公正，也能形成工作监督。

C选项是核查后的法定步骤。工作人员完成核实后，“应当填写申请材料核查情况报告书”。这份报告书是后续决策的重要依据，需如实记录核查过程、发现的问题及初步结论，体现行政行为的规范性和可追溯性。

D选项明确了核查的最终目的。登记机关需“根据核实情况作出是否准予登记的决定”，且这一决定需在“受理登记申请之日起15日内”完成。核查结果直接影响登记结论，例如天津市对智能科技公司的核查中，住所与经营范围的匹配度就可能决定登记是否通过。

A选项存在程序瑕疵。尽管实践中可能告知申请人核实事项，但现有法规未明确要求“书面告知理由及时间”。登记机关通常在受理阶段已告知申请材料要求，核实属于内部审查程序。若未来立法完善此环节，可进一步保障申请人知情权。

企业登记机关在形式审查基础上，通过上述程序实现“有限度的实质审查”。这种兼顾效率与安全的模式，既避免过度核查增加市场主体负担，又能通过关键环节把控降低登记风险。对于申请人而言，确保材料真实性仍是顺利通过核查的核心前提。