根据中国《保健食品原料目录与保健功能目录管理办法》以及现行的《保健食品原料目录》，保健食品原料目录主要收录的是可用于保健食品的维生素、矿物质以及部分经过安全评估且具有明确功能的营养物质（如辅酶Q10、褪黑素、螺旋藻等）。

题目问“保健食品原料目录不包括（）”，通常指的是以下几类不被纳入或另作管理的情形：

1. 中药材（尤其是按照传统既是食品又是中药材的物质除外）
虽然部分药食同源的物质（如枸杞、山楂）可以作为普通食品或保健食品原料，但大部分中药材、中药饮片，特别是需要严格限制用法用品的药材，并不在普通的保健食品原料目录中。如果作为保健食品原料，通常需要按照“注册制”进行管理，而非“备案制”（目录内的原料实行备案制）。

2. 药品及化学药成分
目录中不包含任何具有治疗作用的化学药物成分。保健食品是食品，不能含有药物成分。

3. 新食品原料（未经备案纳入目录的）
一些新批准的食品原料，如果没有经过特定的安全性评估并列入保健食品原料目录，不能随意作为保健食品原料使用。

4. 普通食品原料
大部分普通食品原料（如大米、面粉、蔬菜提取物等）无需列入特定目录，它们可以作为食品原料，但如果要声称特定的保健功能，则需要按照保健食品的规定进行申报。

具体到常见的考试题或选择题：
如果这是一道选择题，例如选项包含：
A. 维生素C
B. 碳酸钙
C. 何首乌（或某种不在药食同源名单的中药材）
D. 辅酶Q10

那么答案通常是 C. 何首乌（因为它是中药材，且具有一定肝毒性风险，需按注册制单个产品审批，不在通用的原料目录中，或者即使可用也是按特殊药材管理）。

总结：
保健食品原料目录 不包括 的主要是：未经安全评估的普通食品、药品、以及大多数未列入“药食同源”名单的中药材。